Dans le système de protection de l’ONU et au Conseil de l’Europe, les droits des minorités représentent principalement des droits culturels identitaires, à savoir des droits permettant l’usage d’une langue, la pratique d’une religion et de coutumes particulières définissant l’identité du groupe. Ces droits culturels représentent donc une protection contre toute assimilation à la population majoritaire.
La plupart des graves conflits opposant une minorité et une majorité s’articulent cependant autour d’enjeux bien plus important : l’auto-administration politique, voire l’autonomie de minorités représentant dans leur région la majorité de la population. La réalisation du désir d’auto-administration entraîne une conception fédéraliste de l’État, au sens large du terme. Au niveau multilatéral, il n’existe malheureusement aucun instrument des droits des minorités qui puisse réglementer le désir d’auto-détermination territoriale des minorités. En effet, la majorité des États présentent une conception centraliste et bloquent toute possibilité de reforme fédéraliste par peur d’éveiller des sentiments séparatistes et de péricliter.